行政解釈は、「年棒に時間外労働等の割増賃金が含まれていることが労働契約の内容であることが明らかであって、割増賃金相当分と通常の労働時間に対応する 賃金部分とに区別することができ、かつ、割増賃金相当部分が法定の割増賃金金額以上支払われている場合は労働基準法第37条に違反しないと解される」とし ています。
給与辞令に割増賃金相当額の計算根拠、給与明細にはその支払い金額を明記するとよいいと思います。